プロジェクト毎に、トラックのMIDIチェンネルを異なる設定で保存することは可能ですか？

できません。

トラックのMIDIチャンネル設定はグローバル・モードでの設定となっており、残念ながらプロジェクト毎に値を変えて保存することはできない構成となっております。